Trong dòng lịch sử GHCGVN, vào hậu bán thế kỷ 19, hàng ngàn giáo hữu đã bị bách hại, phần lớn bởi phong trào Văn thân; số ít còn lại do triều đình hoặc các quan lại, hương chức địa phương và quân Cờ đen.